Алгоритмы для построения филогенетических деревьев

Филогенетические взаимоотношения организмов, установленные на основании сравнительного ана­лиза последовательностей, можно наглядно вы­разить графически. Такие деревья состоят из внутренних точек и терминальных точек (узлов), соединенных ребрами (ветвями). Для каждой па­ры узлов существует путь (серия точек, соединен­ных ветвями). Терминальные узлы представля­ют собой операционные таксономические единицы (ОТЕ), которыми в большинстве исследований являются анализируемые организ­мы. С помощью бескорневых деревьев наглядно изображаются только внутренние взаимоотношения между организмами, тогда как на укорененных деревьях положение общего предка показа­но добавочной точкой. Обычно используются два способа графического изображения филогенети­ческих деревьев. Первый способ — это построение радиальных деревьев, напоминающих очертания настоящих, живых деревьев; он удобен при ана­лизе небольшого количества объектов. Филогене­тическая дистанция между двумя узлами (орга­низмами) изображается в виде расстояния между ними (рис. 3, А). Второй способ — это постро­ение дендрограммы, имеющей вильчатую форму; при этом организмы обозначаются на концах вет­вей и ограничений их количества не вводится. Ге­нетическим дистанциям между видами соответ­ствуют только горизонтальные компоненты (дли­на ветвей) (рис. 3, Б).

Рис. 3. Радиальное дерево и дендрограмма, постро­енные на основании 16S-рРНК-анализа. А. Радиальное дерево для пяти организмов. Цифра­ми обозначены значения филогенетических расстоя­ний между видами, соответствующих расстоянию меж­ду точкой ветвления и конечной точкой каждого ребра. Филогенетическое расстояние между двумя организ­мами соответствует сумме разделяющих их сег­ментов (например, расстояние между Vibrio vulnificus и Thermotoga maritima составляет 0,3272, т. е. 0,0104 + 0,0226 + 0,0268 + 0,1710 + 0,0964). Б. Дендрограмма для тех же пяти видов, что в пункте А. Филогенетическим расстояниям соответствует только длина ветвей (горизонтальная компонента).

Не нашли, что искали? Воспользуйтесь поиском: